Als Bestandsdifferenz bezeichnen wir in der Lagerlogistik eine Abweichung zwischen dem vorhandenen Lagerbestand und den in der Buchhaltung des Lagers angegebenen Mengen. Ist eine Bestandsdifferenz vorhanden, muss aufgeklärt werden, woher diese stammt und wie sie behoben werden kann. Das Auftreten einer Bestandsdifferenz fällt in den Bereich der Bestandsführung.
Gründe für die Bestandsdifferenz können unter anderem Buchungsfehler oder die Entnahme von Waren ohne Ausgangsbuchung (zum Beispiel durch Fahrlässigkeit oder Diebstahl) sein. Auch ein natürlicher Schwund ist bei bestimmten Posten möglich – zum Beispiel durch Verdunstung oder natürliche Volumenänderungen.
Die Häufigkeit von Bestandsdifferenzen kann auf Defizite in der Bestandsführung hinweisen und sollte entsprechend ernstgenommen werden.